Construido durante los primeros meses del año 2000 con presupuestos del Cabildo de La Gomera, el centro de Antoncojo empezó a funcionar a mediados de abril de ese año, cuando llegaron los seis lagartos capturados a lo largo de 1999 en Quiebracanillas y los riscos de la Mérica.

El lagartario de Antoncojo estaba situado en la loma de los Pajares Blancos, en una zona de antiguos bancales situada a 560 metros sobre el nivel del mar. Disponía de tres terrarios de planta cuadrangular de aproximadamente nueve metros cuadrados de superficie. Un año más tarde se le añadirían tres terrarios más pequeños para dar cobijo a nuevos individuos. El centro también disponía de algunas dependencias que hacían las veces de oficina, cocina y de una habitación en la que dispusieron varios terrarios de interior.

En estas instalaciones nacerían, al final del verano de 2001 los tres primeros lagartos cautivos.

El lagartario de Antoncojo dejaría de ser operativo el día 2 de febrero de 2003. Ese día serían finalmente trasladados los últimos lagartos residentes a las nuevas instalaciones de Valle Gran Rey.